Mustamäen koulun Vartsalan yksikkö (luokat 1-2) sijaitsee 2024 vuodesta alkaen Vartsalan päiväkodin ja urheilukentän yhteydessä.

Vartsalan yksikössä toimii erillinen 1.-2. luokkien yhdysluokka yhden opettajan ja ohjaajan voimin. Yksikkö aloitti toimintansa syksyllä 2024 ja siellä opiskelee entisen Meri-Halikon koulun alueen ensimmäisen ja toisen luokan oppilaita. Kolmannelle luokalle siirryttäessä he jatkavat opiskeluaan Mustamäen koulussa.